Eugênia nasceu em Alexandria, no Egito, no século II da Era Cristã, filha de Filipe, governador romano designado para comandar a terra dos faraós. Eugênia desfrutava de todos os privilégios de uma integrante da elite romana, exceto aqueles reservados aos homens que tinham liberdade para escolher seu caminho na vida. Eugênia não nasceu cristã, mas se converteu na juventude, sem o conhecimento de seus pais, que eram fortemente contra a nova religião.

Quando chegou a hora de selecionar pretendentes para seu casamento inevitável, geralmente um casamento de conveniência para a aristocracia, ela escapou, acompanhada por dois fiéis servos, Jacinto e Proto, que a escoltaram para uma área distante o suficiente de sua casa para garantir o anonimato. Nas proximidades, havia um mosteiro que ela observava com anseio para servir a Cristo, mas sabia que apenas homens poderiam servir nesse claustro.

Ela teve a ideia de se passar por homem e, depois de persuadir seus dois servos, eles cortaram seus cabelos e a acompanharam até o mosteiro para ajudá-la a entrar. No entanto, a decepção foi imediata, pois o perspicaz Abade Heleno percebeu imediatamente seus traços delicados e não encontrou nenhum vestígio de masculinidade em sua voz mais grave. Apesar disso, comovido por sua sinceridade, ele batizou o agora monge Eugênio e providenciou sua estadia lá, isolando-a em uma cela, onde ela permaneceu por vários anos, dedicada à meditação, oração e aos estudos exigidos de um monge enquanto fingia para todos que não era uma mulher, mas um eunuco que decidiu se entregar à vida cristã.

Diziam que ela adquiriu dons curativos e chegou a salvar a vida de uma mulher à beira da morte. E esse foi o início de seus problemas, pois a beneficiada pela cura se apaixonou por Eugênia, que prontamente a recusou. A mulher rejeitada não aceitou o desfecho e resolveu alardear que a monja disfarçada a havia estuprado, acusação agravada considerando que a acusadora era uma mulher casada.

Na apuração dos fatos durante o julgamento foi então constatado que a denúncia era falsa, assim como também era falsa a condição de Eugênia, uma mulher que se passava por homem que teve sua identidade revelada diante do julgador e governante romano no Egito, seu próprio pai que presumia até então que ela estava morta. Ela já contava com pesadas acusações em seu desfavor e também teria que lidar com a acusação de traição por sua escolha religiosa em um tempo no qual os romanos perseguiam cristãos. Filipe ignorou seu papel como julgador e fez prevalecer o seu amor paternal, então não apenas desistiu de levar adiante os ritos judiciais como também aderiu à fé cristã por influência da filha e imediatamente assumiu um papel destacado entre os adeptos da religião que se espalhava cada vez mais, decisões que custaram sua posição como representante de Roma.

Roma não aceitou a situação e resolveu realizar seus ajustes, designando um novo governador nada simpático aos cristãos. Filipe foi assassinado e Eugênia foi para Roma interessada em levar adiante sua vida de ações religiosas e ao lado dos velhos companheiros Jacinto e Proto, além da também religiosa Cláudia, começou a realizar um trabalho de cristianização entre pobres romanos. Eles foram enfim detidos quando o imperador Galiano ascendeu ao trono romano em 253 resolveu intensificar a perseguição aos cristãos que era realizada pelo seu pai, o imperador Valeriano, e então o grupo de fiéis foi preso após acusações de que suas práticas eram contrárias ao Império. Todos foram executados pelos romanos e no caso de Eugênia, segundo as narrativas de sua impressionante resistência, ela só pereceu pela espada depois de ter de tentado sem êxito seu afogamento no rio Tibre.

A Igreja católica reconheceu como santos os mais destacados devotos relacionados nestes episódios, pois, além da própria Eugênia, Filipe, Jacinto, Proto e Cláudia também receberam este status de agentes do cristianismo em seus primeiros séculos.